В настоящее время я использую MYSQL,
и он становится горлышком бутылки всей системы.
Попробуйте индексировать Lucene: lucene.apache.org. Существует также очень хорошая реализация в PHP как часть Zend Framework.
Рассмотрим Solr (не путать с Solar Framework для PHP). Он основан на Lucene и предназначен для масштабирования, если это одна из ваших проблем.
Другие ссылки, относящиеся к Solr, могут оказаться полезными: