Изменить R путь библиотеки по умолчанию с помощью .libPaths в Rprofile.site не работает

Правильное решение - установить переменную окружения R_LIBS_USER в значение пути файла к нужной папке библиотеки, а не заставлять RStudio распознавать файл Rprofile.site.

Чтобы установить переменную среды R_LIBS_USER в Windows, перейдите в Панель управления (Свойства системы → Дополнительные свойства системы → Переменные среды → Пользовательские переменные) до нужного значения (путь к папке библиотеки), например

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

Настройка R_LIBS_USER гарантирует, что библиотека появится сначала в .libPaths() независимо от запуска RStudio напрямую или щелкнув правой кнопкой мыши файл и "Открыть с", чтобы запустить RStudio.

Решение Rprofile может работать, если RStudio всегда запускается щелчком по ярлыку RStudio. В этом случае будет установка рабочего каталога по умолчанию в каталог, в котором размещается ваш Rprofile. Решение Rprofile не работает при нажатии на файл, чтобы запустить RStudio, потому что это приводит к тому, что рабочий каталог отключается от рабочего каталога по умолчанию.

Мне удалось решить проблему, поместив код в файл .Rprofile в рабочий каталог по умолчанию.

Сначала я нашел местоположение рабочего каталога по умолчанию

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

Затем я использовал текстовый редактор для написания простого файла .Rprofile со следующей строкой в ​​нем

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Наконец, когда я запустил R и запустил .libPaths(), я получил желаемый результат:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

Изменить ~/.Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

Если у вас нет прав администратора, также может быть полезно открыть Rprofile.site файл, расположенный в \R-3.1.0\etc, и добавить:

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

Это оценивает команду .libPath() непосредственно при запуске

Я нашел то, что я считаю решением здесь (спасибо Карлу Шварцу в SFU) за добавление персональной библиотеки, которая постоянно (вам не нужно определять ее каждый сеанс) распознает, используя ли R или Rstudio, и Rstudio рассматривает ее как по умолчанию на моем компьютере Mac. Я не видел, чтобы это было четко изложено в SO, поэтому я суммировал предоставленные шаги для Windows, а затем для Mac.

Для ОС Windows 7:

1. Создайте каталог на диске, где вы хотите иметь свою личную библиотеку, например, C:\User\Rlibs (или другой, к которому у вас есть разрешения)

2. Найдите или перейдите к "Изменить переменную среды для вашей учетной записи" в панели поиска Windows, чтобы изменить настройки панели управления.

3. Нажмите "Новый..." в середине окна "Переменные среды"

4. В окне "Новая переменная пользователя" введите R_LIBS для "Имя переменной" и путь к созданному вами каталогу личной библиотеки, например, C:\User\Rlibs.

5. Нажмите OK, и вы должны увидеть пару Variable/Value в окне переменных пользователя.

6. Нажмите OK еще раз

Теперь, когда вы запускаете R (или Rstudio) и вводите команду .libPaths() вы должны увидеть созданную вами личную библиотеку, а также системную библиотеку R.

Для Mac:

1. В папке "Home" или "username" создайте папку с именем Rlibs

2. Запустите приложение "Терминал"

3. Тип: echo "R_LIBS=~/Rlibs">.Renvrion Убедитесь, что регистр совпадает.

4. Введите ls -a чтобы увидеть полный список файлов в каталоге, который теперь должен включать .Renvrion

5. Убедитесь, что файл .Renviron установлен правильно: more.Renviron

Запустите R/Rstudio и введите .libPaths() и вы должны увидеть новый путь к вашей личной библиотеке.

У меня были реальные проблемы с пониманием этого. gorkypl дал правильное решение выше, когда я последний раз заново установил свою ОС и Rstudio, но на этот раз настройка моей переменной среды не решилась.

Удалены как R, так и Rstudio, создавая каталоги C:\R и C:\Rstudio, затем переустановить оба.

Определите пользовательскую переменную R_LIBS_USER в ваш предпочтительный каталог (в соответствии с ответом gorkypl) и перезагрузите компьютер для загрузки пользовательской переменной. Откройте Rstudio, ошибки должны исчезнуть.

Вы также можете использовать Sys.setenv(), чтобы изменить R_LIBS_USER на путь вашей альтернативной библиотеки, который проще и не требует перезагрузки компьютера.

Чтобы узнать, для чего установлен R_LIBS_USER: ?Sys.getenv()

Чтение help(Startup) полезно.

Если ваша библиотека пакетов по умолчанию была изменена после установки новой версии R или любым другим способом, вы можете добавить обе библиотеки для использования всех пакетов с помощью приведенных ниже команд. Получить существующий путь библиотеки:

.libPaths()

Теперь установите существующий и старый путь:

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

Надеюсь, что это поможет.

Я прочитал readme. В этом они упомянули использование .libPaths() в командной строке, чтобы проверить, какие пути существуют. Раньше у меня было 2 пути библиотеки. Когда я использовал команду .libpath( "C:/Program Files/R/R-3.2.4revised/library" ), где я хотел, она изменила путь к библиотеке. Когда я снова набрал .libPaths() в командной строке, он показал мне правильный путь. Надеюсь, что это поможет

просто измените папку по умолчанию для ваших библиотек R в каталоге без прав администратора, например

.libPaths("C:/R/libs")

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

скопируйте вышеуказанную ссылку с двойной кавычкой

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

Ваш путь по умолчанию будет изменен для установки пакетов

Я изучал это, потому что у R были проблемы с установкой в ​​местоположение по умолчанию, и вместо этого они просто помещали пакеты во временную папку. Это оказалось последним обновлением для Mcaffee Endpoint Security, которое, по-видимому, имеет проблемы с R. Вы можете отключить защиту от угроз при установке пакетов, и он будет работать правильно.