Ошибка: не удалось найти функцию… в R

Другая проблема, при наличии NAMESPACE, заключается в том, что вы пытаетесь запустить неиспортированную функцию из пакета foo.

Например (надуманный, я знаю, но):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

Во-первых, вы не должны напрямую обращаться к S3-методам, но предположим, что plot.prcomp на самом деле является некоторой полезной внутренней функцией в пакете foo. Чтобы вызвать такую ​​функцию, если вы знаете, что вы делаете, необходимо использовать :::. Вам также необходимо знать пространство имен, в котором функция найдена. Используя getAnywhere(), мы обнаруживаем, что функция находится в пакете статистики:

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Итак, теперь мы можем вызвать его напрямую, используя:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Я использовал plot.prcomp как пример для иллюстрации цели. При нормальном использовании вы не должны вызывать методы S3, подобные этому. Но, как я уже сказал, если функция, которую вы хотите вызвать, существует (например, это может быть скрытая функция полезности), но она находится в пространстве имен, R сообщит, что она не может найти функцию, если вы не укажете, какое пространство имен должно выглядеть в.

Обычно я могу решить эту проблему, когда компьютер находится под моим контролем, но это больше неприятно при работе с сеткой. Когда сетка не является однородной, не все библиотеки могут быть установлены, и мой опыт часто заключался в том, что пакет не был установлен, потому что зависимость не была установлена. Чтобы решить эту проблему, я проверю следующее:

• Установлен ли Fortran? (Ищите "gfortran".) Это затрагивает несколько крупных пакетов в R.
• Установлена ​​ли Java? Правильны ли пути класса Java?
• Убедитесь, что пакет был установлен администратором и доступен для использования соответствующим пользователем. Иногда пользователи устанавливают пакеты в неправильном месте или запускают без соответствующего доступа к соответствующим библиотекам. .libPaths() - хорошая проверка.
• Проверьте ldd результаты для R, чтобы убедиться в общих библиотеках
• Хорошо периодически запускать script, который просто загружает каждый необходимый пакет и делает небольшой тест. Это улавливает проблему пакета как можно раньше в рабочем процессе. Это похоже на сборку тестирования или модульного тестирования, за исключением того, что он больше похож на smoke test, чтобы убедиться, что работает самый базовый материал.
• Если пакеты можно хранить в доступном для сети месте, не так ли? Если они не могут, существует ли способ обеспечить согласованные версии машин? (Это может показаться OT, но правильная установка пакета включает наличие правильной версии.)
• Доступен ли пакет для данной ОС? К сожалению, не все пакеты доступны на разных платформах. Это вернется к шагу 5. Если возможно, попробуйте найти способ обработки другой ОС, переключившись на соответствующий вкус пакета или отключите зависимость в определенных случаях.

Поняв это довольно много, некоторые из этих шагов становятся довольно рутинными. Хотя # 7 может показаться хорошей отправной точкой, они перечислены в приблизительном порядке частоты, которую я им использую.

Если это происходит, когда вы проверяете свой пакет (проверка R CMD), взгляните на свой NAMESPACE.

Вы можете решить эту проблему, добавив следующую инструкцию в NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Это экспортирует все, что не начинается с точки ( "." ). Это позволяет вам иметь скрытые функции, начиная с точки:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

У меня была ошибка

Ошибка: не удалось найти функцию some.function

происходит при выполнении проверки R CMD пакета, который я делал с RStudio. Я нашел добавление

exportPattern ( "")

в файл NAMESPACE сделал трюк. В качестве оповещения я первоначально настроил RStudio на использование ROxygen для создания документации - и выбрал конфигурацию, в которой ROxygen записывал бы мой файл NAMESPACE для меня, который продолжал стирать мои изменения. Итак, в моем экземпляре я снял флажок NAMESPACE из конфигурации Roxygen и добавил exportPattern ( "." ) В NAMESPACE, чтобы решить эту ошибку.

Эта ошибка может возникнуть, даже если имя функции допустимо, если отсутствуют некоторые обязательные аргументы (т.е. вы не указали достаточно аргументов).
Я получил это в контексте Rcpp, где я написал С++-функцию с опциональными аргументами и не предоставил эти аргументы в R. Похоже, что опциональные аргументы из С++ были замечены как обязательные R. В результате R не смог найти соответствующая функция для правильного имени, но неправильное количество аргументов.

Функция Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R звонки:
RcppFunction(0) вызывает ошибку
RcppFunction(0, 0) не

Rdocumentation.org имеет очень удобную функцию поиска, которая, среди прочего, позволяет находить функции - из всех пакетов на CRAN, а также из пакетов Bioconductor и GitHub.

Если вы используете parallelMap, вам нужно экспортировать пользовательские функции в подчиненные задания, иначе вы получите сообщение об ошибке "не удалось найти функцию".

Если вы установили не пропущенный уровень на parallelStart, тот же аргумент должен быть передан в parallelExport, иначе вы получите ту же ошибку. Поэтому это должно строго соблюдаться:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Вы можете исправить эту ошибку по имени spacing :: вызов функции

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

в

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Я получил то же самое, ошибка, я запускал версию .99xxx, я проверял обновления из меню справки и обновил My RStudio до 1.0x, затем ошибка не появилась

Так простое решение, просто обновите свою R Studio