Пользователи Expert R, что в вашем .Rprofile?

Мне не нравится набирать слова "head", "summary", "names" каждый раз, поэтому я использую псевдонимы.

Вы можете поместить псевдонимы в ваш файл .Rprofile, но вы должны использовать полный путь к функции (например, utils:: head), иначе это не сработает.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

EDIT: чтобы ответить на ваш вопрос, вы можете использовать colorout пакет, чтобы иметь разные цвета в терминале. Круто!: -)

options(stringsAsFactors=FALSE)

Хотя у меня на самом деле нет этого в моем .Rprofile, потому что он может сломать код моего соавтора, я бы хотел, чтобы он был по умолчанию. Почему?

1) В векторах символов используется меньше памяти (но только мало);

2) Что еще более важно, мы бы избегали таких проблем, как:

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

и

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

Факторы велики, когда вы в них нуждаетесь (например, внедряете упорядочение на графиках), но в большинстве случаев это неприятно.

Здесь мой. Я всегда использую главный репозиторий кранов и имею код, который упрощает исходный код кода разработки.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}

Мне нравится сохранять мою историю команд R и иметь ее доступную при каждом запуске R:

В оболочке или .bashrc:

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

in.Rprofile:

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}

Вот две функции, которые я считаю удобными для работы с окнами.

Первый преобразует \ в /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\ your de-windowsified path. (It\ also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

Второй открывает рабочий каталог в новом окне проводника.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}

У меня есть этот более динамичный трюк для использования полной ширины терминала, который пытается прочитать из переменной окружения COLUMNS (в Linux):

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

Таким образом, R будет использовать полную ширину даже при изменении размера окна терминала.

Большинство моих личных функций и загруженных библиотек находятся в Rfunctions.r script

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')

Вот мои:

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}

Здесь из моего ~/.Rprofile, предназначенного для Mac и Linux.

Это упрощает просмотр ошибок.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

Я ненавижу выбор меню CRAN, поэтому настроен на хороший.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

Больше истории!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

Ниже приведено описание работы на Mac OSX с терминала (что я очень предпочитаю R.app, потому что оно более стабильно, и вы можете организовать свою работу по каталогу, а также получить хороший ~/.inputrc). По умолчанию вы получаете экран X11, который выглядит не так хорошо; это вместо этого дает кварцевый дисплей, аналогичный графическому интерфейсу. Предполагается, что оператор if поймает случай, когда вы запускаете R из терминала на Mac.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

И предварительно загрузите несколько библиотек,

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

где util.r - случайный мешок с материалом, который я использую, под флюсом.

Кроме того, поскольку другие люди упоминают ширину консоли, вот как я это делаю.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

Это фактически не в .Rprofile, потому что вы должны повторно запускать его при каждом изменении размера окна терминала. У меня это в util.r, тогда я просто отправлю его по мере необходимости.

Сделайте data.frames несколько похожим на "head", но без ввода "head"

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(Из Как сделать "head" автоматически применено для вывода?)

sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}

У меня часто есть цепочка отладочных звонков, которые мне нужно вызывать, и раскол их может быть очень утомительным. С помощью сообщества https://stackoverflow.com/questions/6382286/avoiding-browser-calls-in-r я пошел на следующее решение и вставил его в мой .Rprofile.site. # BROWSER существует для моих задач Eclipse, поэтому у меня есть обзор вызовов браузера в окне "Просмотр задачи".

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended

Моя не слишком причудливая:

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )

Сообщение Стивена Тернера на .Rprofiles имеет несколько полезных псевдонимов и функций стартера.

Я часто использую его ht и hh.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

Я много работаю из баз данных mysql, поэтому соединение сразу - это находка. Я только хочу, чтобы был способ опубликования баз данных avaialble, поэтому мне не пришлось бы запоминать все разные имена.

Вот небольшой фрагмент для использования экспорта таблиц в LaTeX. Он изменяет все имена столбцов на математический режим для многих отчетов, которые я пишу. Остальная часть моего .Rprofile довольно стандартная и в основном рассмотрена выше.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}

Здесь мой. Ничего слишком инновационного. Мысли о том, почему именно выбор:

• Я пошел с установкой по умолчанию для stringsAsFactors, потому что я нахожу он чрезвычайно истощается, чтобы передавать его в качестве аргумента каждый раз, когда я читаю CSV. Тем не менее, это уже вызвало у меня некоторое недоумение при использовании кода, написанного на моем обычном компьютере, на компьютере, у которого не было моего .Rprofile. Тем не менее, я сохраняю это, так как проблемы, которые он вызвал, были бледны по сравнению с проблемами, которые не были установлены каждый день, которые обычно вызывают.
• Если вы не загрузили пакет utils до options(error=recover), он не сможет найти восстановление при размещении внутри блока interactive().
• Я использовал .db для моего параметра dropbox, а не options(dropbox=...), потому что я все время использую его внутри file.path, и он сохраняет много типизации. Ведущий . не позволяет ему появиться с ls().

Без дальнейших церемоний:

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}

Mine включает options(menu.graphics=FALSE), потому что мне нравится Отключить/отключить всплывающее окно tcltk для выбора зеркала CRAN в R.

Я использую следующее, чтобы получить cacheSweave (или pgfSweave) для работы с кнопкой "Compile PDF" в RStudio:

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")

Я нашел две действительно необходимые функции: сначала, когда я установил debug() для нескольких функций, и я решил проблему, поэтому хочу undebug() все функции - не один за другим. Функция undebug_all(), добавленная как принятый ответ здесь, является лучшей.

Во-вторых, когда я определил много функций и ищу конкретное имя переменной, трудно найти ее во всех результатах ls(), включая имена функций. Функция lsnofun(), размещенная здесь, действительно хороша.

Здесь мои, включая некоторые из упомянутых идей.

Две вещи, которые вы, возможно, захотите посмотреть:

• .set.width()/w() обновить ширину печати до одного из терминалов. К сожалению, я не нашел способ сделать это автоматически при изменении размера терминала. В документации R упоминается, что это делают некоторые интерпретаторы R.
• история сохраняется каждый раз вместе с меткой времени и рабочим каталогом

.

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}

У меня есть переменная среды R_USER_WORKSPACE, которая указывает на верхний каталог моих пакетов. В .Rprofile я определяю функцию devlib, которая устанавливает рабочий каталог (так что работает data()) и выводит все .R файлы в подкаталог R. Это очень похоже на функцию Хэдли l() выше.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")

Я задал свою тему цвета решетки в своем профиле. Вот две другие хитрости, которые я использую:

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)