Я новичок в C++ и пакет Rccp, но я нашел некоторый код в галерее rcpp, который позволяет генерировать из многомерного нормального распределения. Код
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
arma::mat mvrnormArma(int n, arma::vec mu, arma::mat sigma) {
int ncols = sigma.n_cols;
arma::mat Y = arma::randn(n, ncols);
return arma::repmat(mu, 1, n).t() + Y * arma::chol(sigma);
}
Сохраняя его в файле multivgaussian.cpp, когда я пытаюсь скомпилировать его в R с помощью
sourceCpp("multivgaussian.cpp")
Я получаю это сообщение об ошибке
Error in dyn.load("/tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so") :
unable to load shared object '/tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so':
/tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so: undefined symbol: _ZN4Rcpp8internal14r_vector_startILi13EEEPNS_6traits12storage_typeIXT_EE4typeEP7SEXPREC
Я также попытался понять, что произойдет (в терминале), если я попытаюсь скомпилировать его.
R CMD SHLIB multivgaussian.cpp
g++ -I/maths/R/lib64/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c multivgaussian.cpp -o multivgaussian.o
multivgaussian.cpp:1:27: error: RcppArmadillo.h: No such file or directory
multivgaussian.cpp:4: error: ‘Rcpp is not a namespace-name
multivgaussian.cpp:4: error: expected namespace-name before ‘; token
multivgaussian.cpp:7: error: ‘arma has not been declared
multivgaussian.cpp:7: error: expected constructor, destructor, or type conversion before ‘mvrnormArma
make: *** [multivgaussian.o] Error 1
Это, наверное, что-то простое, но я ничего не нашел в Интернете. Большое спасибо, Charis
На этой неделе Rcpp выпустил релиз, который требует, чтобы его пакеты пользователей были перестроены. Убедитесь, что ваш RcppArmadillo также перестроен.
В примере R CMD SHLIB
вы не говорите R о зависимости RcppArmadillo, поэтому он не может работать. В первом примере линия
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
позаботится об этом, но у вас все еще есть проблема с компоновщиком - возможно, из-за несоответствия версии.