диалоговое окно предупреждения не отображается

Замените все свои потоки на классы AsyncTask. Они разработаны специально для этого типа вещей и отлично работают с пользовательским интерфейсом для отображения диалогов и отбрасывают их в потоке пользовательского интерфейса, в то же время работая в фоновом режиме там, где вам это нужно.

Таким образом, вам не нужен тайм-аут в 3000 мс, он просто увольняется, когда он возвращается. Конечно, вы могли бы время, сколько времени займет вход в систему, и сохранить диалог до тех пор, пока вы не достигнете 3000 мс, но я бы этого не сделал. Кроме того, если вы хотите приостановить работу в Android, используйте SystemClock.sleep(3000); вместо сотового потока Java, поскольку вам не нужно пытаться/улавливать прерывание.

Пример, который заменяет ваш код (обратите внимание на полное отсутствие потоков, try/catch и т.д., Которые обычно мутируют код потока):

    // ... initialising onClickListener of your button to call the async task
    Button button = (Button) findViewById(R.id.button);
    button.setOnClickListener(new View.OnClickListener() {
        public void onClick(View v) {
            new StartLoginAsyncTask(YOURAPP.this).execute((Void []) null);
        }
    });
}

private class StartLoginAsyncTask extends AsyncTask<Void, Void, Integer> {
    private ProgressDialog dialog;
    private final Context context;

    public StartLoginAsyncTask(Context context) {
        this.context = context;
    }

    @Override
    protected void onPreExecute() {
        // UI work allowed here
        dialog = new ProgressDialog(context);
        // setup your dialog here
        dialog.setProgressStyle(ProgressDialog.STYLE_SPINNER);
        dialog.setMessage(context.getString(R.string.please_wait_message));
        dialog.setCancelable(false);
        dialog.show();
    }

    @Override
    protected Integer doInBackground(Void... ignored) {
        Integer returnCode = doLogin();
        return returnCode;
    }

    @Override
    protected void onPostExecute(Integer returnCode) {
        // UI work allowed here
        dialog.dismiss();
        if (returnCode == LOGIN_OK) {
            // ... show other dialogs here that it was OK
        } else {
            // ... bad news dialog here
        }
    }
}

private Integer doLogin() {
    // ... write your login code here. 
    // This is run in background, do not do any UI work here
    return LOGIN_OK;
}

Если вы хотите, чтобы логин прерывал диалог, добавьте пользовательское TimeoutException в doLogin(), поймайте его в doInBackground() и верните соответствующий ответ Integer и обработайте его в onPostExecute().