Можете ли вы встроить сценарий TCL в сценарий Bash или сценарий Python, который может вызываться внешними программами?

Я пишу script, чтобы извлечь некоторые полезные данные о серии химических симуляций, которые я использовал.

Чтобы получить эти данные, мне нужна (1) C-программа, которая вычисляет плотность из типа файла, называемого *.pdb. У меня уже есть (1). И (2) Мне нужно использовать программу под названием vmd для получения этого pdb. Чтобы выполнить (2) из ​​командной строки, я могу отправить tcl script, поскольку vmd имеет сборку в tcl-интерпретаторе.

Эти функции - вызов vmd для запуска tcl script, а затем выполнение скомпилированной c-программы - это ключевые действия моего извлечения данных оболочки script.

Я хотел бы устранить лишний TCL script, уменьшив число из 2 сценариев (обертка script + tcl script для vmd) до 1. Но я не уверен, как это сделать. По-видимому, одним из возможных решений является встроить мой TCL script в мою оболочку script, если есть способ сделать такой встроенный script доступным для внешних программ.

Большинство моих сценариев сбора данных до сих пор находились в BASH, поэтому в идеале я хотел бы придерживаться BASH script, поскольку я очень хорошо знаком с сценарием BASH, поскольку имею только начало знания Python/Perl.

Вот мои вопросы:
1. Можете ли вы встроить TCL script внутри BASH script?
2. Можете ли вы сделать этот script доступным для внешней программы?
например в псевдокоде:

#!/bin/bash
....
tclembed extract {
   #tcl script
   ...
}
...
vmd -dispdev text -e extract.tcl >& extract_results.log #where vmd is 
                                                        #an external program

3. Если ответ на # 2 - нет, можете ли вы сделать это на Python, возможно, с помощью библиотеки Minotaur? Я бы рассмотрел переход на python, если так...
http://markmail.org/message/6kogjphzqtn4ilch
4. Если нет, как бы вы предложили попытаться объединить эти два сценария (подпрограмму tcl и BASH script, которая вызывает это) в один файл?
5. Если кто-то получил внешние вызовы такого характера для работы с помощью Minotaur, можете ли вы разместить пояснительный код?

Я подумал о одном не-встраивающем решении, которое должно быть # 4, которое должно было бы написать функцию в моем BASH script, который записывает файл со всем tcl script. Таким образом, у меня был бы единственный script, но он мог бы сбрасывать индекс для использования с внешними программами, а затем удалять его. У меня такое ощущение, что это решение является довольно глупым, хотя я точно знаю, что он работает, а также встроенные решения.