Выполнение GLM в скрипте Python на Windows 7 64

Question

Выполнение GLM в скрипте Python на Windows 7 64

1

Я пытаюсь выполнить GLM (обобщенная линейная модель) несколько раз в пределах python script (внутри цикла).

1- Я пытался использовать Stats в функции Scipy glm, но описание довольно непросто, и я думаю, что не использовал его хорошо → сообщение об ошибке

"ValueError: only ttest_ind implemented".

I searched within stats.py file and in _support.py to find my way without results.

2- Я попытался установить RPY2 (надеюсь, что lgautier или другое прочитает меня), если вы используете R-функции. Но я на Windows 7 64, и кажется, что мне не удалось установить его хорошо. У меня есть сообщение об ошибке:

    import rpy2.tests
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\tests.py", line 3, in 
    import rpy2.robjects.tests
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 12, in 
    import rpy2.rinterface as rinterface
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py", line 22, in 
    "This might be because R.exe is nowhere in your Path.")
RuntimeError: Unable to determine R version from the registery.Calling the command 'R RHOME' does not return anything.
This might be because R.exe is nowhere in your Path.

Как выполнить надежный GLM в python (другие способы?), я пробовал хорошие, но я пропустил...?)? Как установить RPY (нооб/базовый ученик ученика) на Windows 7 64 и связать его с python?

Solenn 26 окт. 2010, в 17:23

Источник

0

Здесь нет вопросов. Похоже, вам не удалось правильно установить rpy2, поэтому я бы подписался на список rpy и описал, что вы там сделали. Кто-то может быть в состоянии помочь вам.
Dirk Eddelbuettel 26 окт. 2010, в 15:31
0

Вы, вероятно, не хотите 64-битную версию Python; он не очень хорошо поддерживается, если речь идет о расширениях и сторонних библиотеках. Если вы используете версию Python для x86, у вас могут возникнуть проблемы при установке из двоичного файла.
Rafe Kettler 26 окт. 2010, в 15:38
0

@ Дирк: мой вопрос заключается в том, как выполнить основной статистический тест на мощном языке программирования как python. У меня есть некоторые поиски, прежде чем спрашивать, и мне не удалось. Поэтому я смиренно ищу помощи.
Solenn 26 окт. 2010, в 15:46
0

... (извините, продолжение) Как выполнить GLM на python ("нативно": используя scipy?) или используя инопланетные библиотеки?
Solenn 26 окт. 2010, в 15:48
0

У меня был быстрый поиск этого, но я не придумал много. Функция scipy.stats.glm, похоже, этого не делает, и в любом случае плохо документирована. Возможно, вам придется прибегнуть к чтению книги МакКаллага и Нелдера по GLM и реализовать ее самостоятельно. Это не так сложно, и вы можете использовать функции статистика в SciPy для значений распределения. Какое семейство моделей вы делаете? Пуассон, Бином и т. Д.? Также вы можете перепроверить вашу программу с помощью gl's fit.
Spacedman 27 окт. 2010, в 07:04
0

@Solenn: я читаю это, и я отмечаю, что 1 / там нет 64-битной сборки MS Windows для rpy2 (никто не вносил никакой), 2 / rpy2 для MS Windows в настоящее время оставлено позади (очевидно, что интерес к нему со стороны сообщества не проявляется кто угодно). Совместное использование вашей сборки даст возможность другим попытаться воспроизвести вашу проблему и, возможно, найдет решение этой проблемы.
lgautier 27 окт. 2010, в 16:38
0

Что говорит ваш path (введите его в командной строке)? Это включает в себя R? Можете ли вы запустить R из командной строки из любого места (что указывает на то, что он у вас на пути)? Это все еще актуально? :)
Roman Luštrik 03 янв. 2012, в 17:36

Показать ещё 5 комментариев

Теги:

python

r

windows

scipy

glm

3 ответа

Ещё вопросы

Здесь нет вопросов. Похоже, вам не удалось правильно установить rpy2, поэтому я бы подписался на список rpy и описал, что вы там сделали. Кто-то может быть в состоянии помочь вам.
Вы, вероятно, не хотите 64-битную версию Python; он не очень хорошо поддерживается, если речь идет о расширениях и сторонних библиотеках. Если вы используете версию Python для x86, у вас могут возникнуть проблемы при установке из двоичного файла.
@ Дирк: мой вопрос заключается в том, как выполнить основной статистический тест на мощном языке программирования как python. У меня есть некоторые поиски, прежде чем спрашивать, и мне не удалось. Поэтому я смиренно ищу помощи.
... (извините, продолжение) Как выполнить GLM на python ("нативно": используя scipy?) или используя инопланетные библиотеки?
У меня был быстрый поиск этого, но я не придумал много. Функция scipy.stats.glm, похоже, этого не делает, и в любом случае плохо документирована. Возможно, вам придется прибегнуть к чтению книги МакКаллага и Нелдера по GLM и реализовать ее самостоятельно. Это не так сложно, и вы можете использовать функции статистика в SciPy для значений распределения. Какое семейство моделей вы делаете? Пуассон, Бином и т. Д.? Также вы можете перепроверить вашу программу с помощью gl's fit.
@Solenn: я читаю это, и я отмечаю, что 1 / там нет 64-битной сборки MS Windows для rpy2 (никто не вносил никакой), 2 / rpy2 для MS Windows в настоящее время оставлено позади (очевидно, что интерес к нему со стороны сообщества не проявляется кто угодно). Совместное использование вашей сборки даст возможность другим попытаться воспроизвести вашу проблему и, возможно, найдет решение этой проблемы.
Что говорит ваш path (введите его в командной строке)? Это включает в себя R? Можете ли вы запустить R из командной строки из любого места (что указывает на то, что он у вас на пути)? Это все еще актуально? :)

jseabold · Answer 1 · 2011-12-15T17-47-00.000Z

Я не знаю, почему ответы здесь, по-видимому, указывают на то, что тестирование тестовых моделей для GLM не так уж и хорошо. Я написал тесты. Модели проверяются на Stata, R и SAS. Они довольно полные. Если вы найдете что-то неожиданное или это не так, сообщите об этом разработчикам.

https://github.com/statsmodels/statsmodels/blob/master/scikits/statsmodels/genmod/tests/test_glm.py

Spacedman · Answer 2 · 2010-10-27T05-06-00.000Z

И вскоре после моего последнего комментария я нахожу это:

http://statsmodels.sourceforge.net/

с его документацией GLM:

http://statsmodels.sourceforge.net/glm.html

Я бы настоятельно предложил перекрестно проверить с помощью R fit, чтобы убедиться, что он делает то, что вы думаете.

Solenn · Answer 3 · 2010-11-03T14-17-00.000Z

Я отвечаю на меня:

statsmodels не разработаны и проверены достаточно, чтобы их можно было использовать, поэтому НЕ ИСПОЛЬЗОВАТЬ STATSMODELS в своей текущей версии для выполнения GLM → rpy2 подходит, но для этого требуется сложная установите (скопируйте в /Pythonxx/Lib/site -packages/folders, извлеченные из rpy2 tar и получите "нос" и скопируйте их в одном месте)

Что дает вам эту идею? Код GLM в scikits.statsmodels протестирован и проверен на соответствие Stata или R. При желании вы можете проверить набор тестов. Если вы на самом деле найдете крайний случай, когда он не работает, сообщите об этом разработчикам.