Авто высота div между двумя другими div

Вы можете просто расположить тело боковой панели абсолютно внутри своего содержащего родителя. Поскольку верхний и нижний колонтитулы являются липкими (я полагаю) и имеют фиксированную высоту, вы можете использовать:

#sidebar-content {
    position: absolute;
    top: 50px;
    bottom: 50px;
    left: 0;
    right: 0;
    /* or width: 100%; if you don't want to use the left/right positions */
}

Вы можете увидеть скрипку с доказательством концепции: http://jsfiddle.net/teddyrised/2r4r6/

Изменить: если вы чувствуете себя авантюрно, вы можете установить высоту содержимого боковой панели, используя calc(100vh - 100px); , но старые браузеры, а также iOS Safari имеют проблемы с вычислением vh правильно;)