System.IO.Directory.CreateDirectory с разрешениями только для этого текущего пользователя?

Существует пример создания экземпляра DirectorySecurity и добавления ACE для именованного пользователя здесь (но используйте конструктор по умолчанию для начните с пустого ACL).

Чтобы получить SID учетной записи, есть две возможности (это требует тестирования):

Первый подход заключается в том, чтобы полагаться на владельца процесса, являющегося владельцем каталога. Вероятно, это будет нарушено, если вы выполняете олицетворение (например, под Windows Authentication, чтобы иметь идентификатор клиента, используемый для контроля доступа к содержимому файловой системы):

var ds = new DirectorySecurity();
var sid = new SecurityIdentifier(WellKnownSidType.CreatorOwnerSid, null)
var ace = new FileSystemAccessRule(sid,
                                   FileSystemRights.FullControl,
                                   AccessControlType.Allow);
ds.AddAccessRule(ace);

Второй подход, чтобы получить владельца процесса от Token процесса, для этого потребуется P/Invoke. Это включает в себя пример: http://www.codeproject.com/KB/cs/processownersid.aspx, как только у вас есть SID, создайте для него экземпляр SecurityIdentifier и следуйте приведенному выше, чтобы создать ACL.