Как я могу установить ограничение по времени для кода R, выполняемого с помощью Python (rpy2)?

Question

Как я могу установить ограничение по времени для кода R, выполняемого с помощью Python (rpy2)?

1

Я хочу прекратить выполнение функции R, вызванной из python (rpy2) через 2 секунды. Вот код python:

signal.signal(signal.SIGALRM, handler)
signal.alarm(2) # set timeout to 2 seconds

# run R code
result = robjects.r('''
      Sys.sleep(10) 
      return("hello")
   ''')

signal.alarm(0) # disable alarm

Это не работает. Я должен подождать 10 секунд для обработчика сигналов.

user1250280 05 март 2012, в 18:00

Источник

0

Это может помочь людям точно знать, как это не работает. Ошибка? Просто игнорирует запрос на паузу на 10 секунд?
joran 05 март 2012, в 17:00
0

Просто игнорирует запрос на паузу на 10 сек. Python ничего не знает о времени выполнения R-кода, когда я выполняю его 5 раз с помощью robjects - сигнал появляется после первого, вызываемого метода- обработчика , но через 10 секунд, а не 2. Я бы хотел убить обработку R-кода через 2 секунды.
user1250280 05 март 2012, в 17:16

Теги:

python

r

timeout

rpy2

2 ответа

1

Попробуйте настроить будильник, а затем введите операцию, в которой вы хотите тайм-аут внутри блоков try catch. Тревога должна вызывать захватывающее исключение. Надеюсь, что это имеет смысл, это работает для меня в любом случае.

Mugster 20 май 2012, в 19:00

Ещё вопросы

Это может помочь людям точно знать, как это не работает. Ошибка? Просто игнорирует запрос на паузу на 10 секунд?
Просто игнорирует запрос на паузу на 10 сек. Python ничего не знает о времени выполнения R-кода, когда я выполняю его 5 раз с помощью robjects - сигнал появляется после первого, вызываемого метода- обработчика , но через 10 секунд, а не 2. Я бы хотел убить обработку R-кода через 2 секунды.

lgautier · Accepted Answer · 2012-03-06T04-48-00.000Z

Оценка R-кода не освобождает Python GIL. Единственный способ получить скрипт Python для контроля за временем выполнения R-кода - это иметь два процесса.

Вы можете проверить unit тест на rpy2 "testInterruptR()", хотя есть гораздо более элегантные способы реализовать это в приложении. Там SIGINT отправляется в R-процесс с бесконечным циклом.

Спасибо (я не могу нажать «Проголосовать»).