Лучшее место / фаза для разрешения окончания строки символов '^ M' или '\ r'

Мне нужно реорганизовать файл, заменив коды сообщений с обновленными значениями. Мой исходный файл присутствует на сервере Ubuntu, который я могу подключить и получить в виде файлов Windows. Я клонировал его через git в Ubuntu Server, а затем переместил файл в Windows и Windows, с помощью небольшой Java-программы реорганизовал значение и запустил его. Затем откройте файл в окнах и файл, чтобы скопировать вставку файла на сервере Ubuntu (поскольку копировать замену или переместить замену файла show git diff, поскольку все содержимое изменяется).

Ниже приведен код Java, который я использовал для рефакторинга.

        ruleInBR = new BufferedReader(new FileReader(ruleIn));
        ruleOutBW = new BufferedWriter(new FileWriter(ruleOut));
        csvOutBW = new BufferedWriter(new FileWriter(csvOut));

        String readRule = "";
        int lineNo = 1;

        while((readRule = ruleInBR.readLine()) != null)
        {
            if(details.get(lineNo) != null)
            {
                AlterValuePair<String> avPair = details.get(lineNo);
                String renamedRule = readRule.replace(avPair.getOldValue(),avPair.getNewValue());
                String trimRenamedRule = renamedRule.replace("\r","");
                csvOutBW.write(lineNo + ", " + avPair.getOldValue() + ", " + avPair.getNewValue() +"\n");
                ruleOutBW.write(trimRenamedRule + "\n");
                count++;
            }
            else {
                String trimReadRule = readRule.replace("\r","");
                ruleOutBW.write(trimReadRule +"\n");

            }
            lineNo++;
        }

Но в GitDiff я сталкиваюсь с проблемами присутствия git diff для '^ M или'\r, которые я на самом деле не делал, и, насколько я знаю, это потому, что я открыл и работал с некоторыми редакторами, которые оставляют эту строку окончанием. Поскольку рефакторинг файлов вызывает проблемы при компиляции в Ubuntu из-за неожиданного символа. Я выполнил следующие подходы, которые я узнал ранее, и нашел в Stack Overflow.

Я адаптировал следующие варианты в vim

1. set ff = unix/set fileformat = unix
2. set ff = dos/set fileformat = dos
3. % s/\ r\n/\n/или% s/\ r//или% s/\ r//g
4. dos2unix fileName
5. perl -pi -e '/\ r//' или perl -pi -e 's/\ r\n/\n/'

Но все эти случаи он изменил весь файл как новый файл, а в git diff он показывает, что все новые изменения и старые, которые я не изменил, изменены. Есть ли способы решить эту проблему?

Я перешел к следующим вопросам из Stack Overflow:

1. gVim показывает возврат каретки (^ M), даже если файловый режим явно DOS
2. Преобразование окончаний строк DOS в окончание строк Linux в vim
3. ^ M в конце каждой строки в vim
4. Удалите строку в текстовом файле с помощью java.BufferedReader
5. https://its.ucsc.edu/unix-timeshare/tutorials/clean-ctrl-m.html
6. https://www.garron.me/en/bits/get-rid-m-characters-vim.html

Но никто из них не помог мне в позитивном ключе.

ОБНОВИТЬ

Наконец, после выполнения инструкции из другого вопроса о переполнении стека, в котором говорится об исключении на уровне фиксации, который пропустит добавление пробелов и который немного изменит мои проблемы, но также имеет некоторые недостатки, поскольку в нем есть некоторые части тех же файлов, которые не являются (фактически принадлежит пропущенным в пробеле).

Я не знаю, как это сделать, поскольку я должен вносить изменения в несколько ветвей, и все это может или не должно пройти эту проблему. Есть ли какой-либо простой способ, а не делать на уровне git commit. Там, где я должен игнорировать пробелы и совершать и фиксировать незафиксированные изменения каждый раз, когда я совершаю это.

Btw, что ссылка Stack Overflow: добавьте только изменения без пробелов